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Al hablar de nuestras raíces culturales y genéticas incluímos a los españoles, a los negros y a los taínos, aunque erróneamente estos últimos son los que menos consideramos como parte de nuestra herencia puesto que desaparecieron muy prontamente al inicio de la colonización. La cultura Taína no fue la primera en residir en Puerto Rico, hubo otras que vivieron aquí muchos siglos antes que los Taínos. La primera evidencia de humanos en la isla data de casi 3,000 años. En ésta fase conocida como arcaica, la isla fue poblada por tribus nómadas que no sabían de agricultura ni de hacer cerámica. Siglos después los arahuacos, provenientes del área de Venezuela, emigraron hacia el Caribe a través de la cadena de islas llamadas Antillas menores, algunos de los cuales se quedaron en Puerto Rico. Los arqueólogos han dividido el desarrollo de su sociedad en 3 fases, la igneri o salaloide, la ostiones y la Santa Helena. Para el fin del primer milenio la cultura taína emergía como predominante en las Antillas mayores.
Ciertamente nuestros taínos no se encuentran con nosotros como quedan otros pueblos nativos en todo el continente americano, pero aún así coexisten en nuestra herencia genética. Según un estudio realizado recientemente nuestra estirpe contiene cerca de un 27% de origen africano, 12% de origen caucásico y un 61% de orígen taíno, a excepción de los pueblos de San Juan y Loíza. Esto es así puesto que ciertas características genéticas son transportadas únicamente por la madre a la siguiente generación. Tomando en consideración que al principio los colonizadores españoles no trajeron mujeres consigo, el mestizaje se creó mayormente de un padre europeo y de una madre taína, conllevando esto que las características indígenas se conservaran tras muchas generaciones como parte de nuestro genotipo, revelando que el mestizaje entre indios y colonizadores fue mucho mayor que el que se creía anteriormente.
La evidencia arqueológica sugiere que Puerto Rico o mejor dicho Borikén, fue un centro de actividad humana durante la era de apogeo de la cultura taina, puesto que se consideraba una estación intermedia, cuando nativos de sur América viajaban en pequeñas canoas por el Caribe hasta las Antillas mayores. Una pieza fundamental del rol de Puerto Rico en la cultura taina es la presencia de las cerca de 200 plazas indígenas que se han hallado en la isla. Cuando un fenómeno como este sucede es de esperar una distribución similar en el área geográfica inmediatamente cercana, sin embargo, este no es el caso. Es de esperarse que en el resto de las Antillas mayores ya sea Cuba, La Española o Jamaica se hallaran más plazas taínas y de mayor tamaño, pero no sucede así, quedando entredicho que Puerto Rico fue un importante centro de la cultura taína, más importante que las otras Antillas mayores.
Hoy en día, muchos historiadores utilizan el término de asimilación en vez de exterminación para calificar el destino de la cultura taína. Nuestros nativos finalmente cedieron ante el poderoso invasor, aunque es innegable que muchos murieron por el exceso de trabajos forzados o de enfermedades para las cuales no tenían inmunidad. Después de sus batallas con los españoles, tantos como una tercera parte de ellos huyó a islas vecinas, como Santa Cruz y otros se mudaron al inhóspito interior de la isla donde los españoles consideraron que sería mucho esfuerzo ir tras ellos. Aún así, no queda nadie actualmente que pueda hablar la lengua taína como idioma nativo, aunque si quedan muchas palabras en nuestro idioma que provienen de nuestros indígenas especialmente las toponímicas como lo son nombres de pueblos y barrios de Puerto Rico. También se usan los nombres de ciertas legumbres como yuca y lugares de nuestras viviendas como lo son el soberao, batey, conuco, bohío, barbacoa, hamaca y huracán para denominar tempestades, entre otros. Estos últimos actualmente han pasado a otros idiomas como el español y en el inglés barbacoa se transfomó en Bar-B-Q que ha regresado a nosotros con la pronunciación inglesa. Algunos podrían considerar que el baño diario, algo muy poco usual entre los europeos, se halla enraízado en nuestra cultura por la vía taína. Es conocido que los colonizadores, al ver la insistencia de los taínos en bañarse todos los días en el río, pensaron que esto solo podría ser algún tipo de ceremonia de orden religioso para ellos. Ciertas características nuestras como el de expresarse con las manos, con gestos o con ciertos ademanes tienen su orígen en nuestros taínos, aunque hay que reconocer que la influencia africana también contribuye en gran parte. Siempre que mencionemos nuestros pueblos y barrios, descansemos en hamaca, hablemos de huracanes y de nuestro "bohío", o comamos una barbacoa; recordemos que nuestros humildes taínos, aunque no estén presentes físicamente, siempre serán parte de nuestra herencia genética y cultural, de la cual debemos sentirnos orgullosos.